いやそれはどうだろう

フォーマットやRAID再構築に時間がかかる

まず、RAIDの再構築を自動にするなよ。それに、無停止が求められるならRAID1+5とかすれば片方再構築中でもレスポンスは落ちないんじゃ。
あと、容量以外の面を無視するという前提で話しているが、容量が増えると大抵アクセス速度が増すのでさすがにそこまで差は出ないのでは。

容量の大きなハードディスクは壊れやすい、かも

スペックとしては読み書きデータ量あたりのエラー量で定義してあり同一世代なら容量によらず大体同じなので、これはおそらく真。大抵壊れる前に容量の都合で交換しているので実際に確かめたわけではないが。

最後にいくらそれほどいらないとはいってもフラグメント防止の観点から見込まれる最大データ量の1.5倍ないし2倍はディスク容量が欲しいところ。静的なコンテンツばかりでディスクがほぼ読み取り専用とかなら問題ないが書き込みもするなら十分な空き容量を持たせとかないと結構簡単にフラグメントが発生するので注意。