そもそもなぜ

Cドライブのムダを捨てて 軽く！ 速く！ | 日経 xTECH（クロステック）
最近のPCは、会社で支給されたPCもそうだったが、なぜかHDDを標準で2つのパーティションに分けてある。これはどうかと思う。

というのも、どうも最近のWindowsは、といってもXPからなのでもう結構たつが、システム全体で一つのパーティションであることを仮定しているような気がするからだ。Microsoftの推奨に従えば作成したデータの類は"My Documents"以下に、アプリケーションの類は"%Program Files%"以下に、アプリケーションの設定は"%USERPROFILE%\Local Settings"に入れることになる。"My Documents"は割合簡単にパスの変更が出来るが、他はそう簡単には変更出来ない。
パスが固定であっても*nixならそのパスに適当な大きさのパーティションをマウントすればいいのだが、Windowsだとそれは難しい。出来ないことはないし、"%Program Files%"に対してやったことがあるがインストーラーの大半がリパースポイントによるボリュームのマウントを認識せず、容量の誤認識をしたりそもそも書き込めなかったりと散々な目にあい、HDD換装の際にやめた。リパースポイントはNTFSの基本機能なのでXP対応を謳うなら当然対応しているのが筋だと思うのだが、あまりにもマイナーな機能のためか完全に対応した物は少ないようだ。というかMicorsoftの使っているインストーラーでさえ誤認識した覚えが。というわけでボリュームのマウント、特にシステム既定のパスへのボリュームのマウントはやって出来ないことはないが、やらない方が良い。
というわけで、"My Documents"以外のパスの変更方法はなきに等しい。しかしながら、月刊マイクロソフトこと定例WindowsUpdateごとに"%SystemRoot%"以下のファイルは増えていくし、"%USERPROFILE%"以下は使っているアプリによっては日々増大するし、"%Program Files%"以下はアプリを入れるごとに増大する。つまり日々の使用でディスク容量を消費していくところが分散している上に別のドライブに逃がす方法がほぼないということである。
よって、パーティションを複数に分けておくことはよほどのことがない限り利便性を損なう結果になるだけである。